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雞糞因飼養環境與糞便含水率低（約78%）之關係，其處理方式可分成直接乾燥與堆肥發酵等方式。
直接乾燥是目前使用最普遍之雞糞處理方式，即將雞舍中的雞糞清除至舍外曬乾場或簡易塑膠房外，利用風吹日曬之自然乾燥方式，將糞中之水分蒸發而達乾燥處理之目的，此方式處理易受天候與糞便含水率之影響，而影響乾燥時間及周圍環境，常因糞便之含水分太高（泥狀）或遇雨水造成糞便之乾燥困難，時間長產生惡臭與蒼蠅之問題，而嚴重影響周遭之環境，而經乾燥處理後之雞糞當有機肥利用時，因施用後遇水又產生發酵現象不但對作物根部造成傷害，也會產生惡臭與蚊蠅滋生現象，又造成施用地區之環境污染問題，因此雖然此自然乾燥方式是目前雞糞處理方式中投資最少、最方便，應用最普遍之處理方式，但為整體環境考量應逐步改善，不要再應用自然乾燥方式來處理雞糞便，而應以堆肥發酵方式將雞糞製成有機肥，回歸農地利用，才是最佳之處理方式。
但欲製作發酵腐熟品質優良的雞糞化堆肥，除了考慮雞舍形式、雞隻飼養條件產生糞便形式外，欲製造良質堆肥有其發酵之適當條件，包括水分含量、氧氣之供給、適當溫度與碳氮比、微生物種類以及最後之雜物去除等，因此，欲將養雞場之雞糞處理成腐熟有機肥，需先瞭解一般堆肥之製造條件、流程等。今將堆肥發酵之一般條件提供如下：
（一）堆肥發酵之條件
1. 足夠氧氣
堆肥發酵採用好氣處理方式時需供給足夠的氧氣，其適當之送風量每公噸每分鐘0.2m3。也可依碳氮比考慮不同送風量，碳氮比愈高送風量愈多。
2. 適當水分
堆肥屬於好氣性固態發酵，讓微生物在好氣狀態下分解有機物質。在發酵基質的最大容水量(water holding capacity,WHC)為1時，其孔隙會被水分填滿，因此對微生物而言是厭氧狀態，而基質之出水分介於最大容水量約1/2～2/3之間時，才能維持好氣狀態。
堆肥之適當水分含量介於60～70﹪，雞糞發酵最適當之水分含量為60﹪，水分低於30﹪微生物生長被抑制，大於70﹪孔隙率不足，通風困難，產生厭氣發酵、惡臭、發酵停止。
3. 溫度
通常有機物之熱傳導性差，而氣體在厚的有機質間傳送也很慢，所以大都的堆肥在製造過程中會有的蓄積，而使發酵中的堆肥溫度升高，有時會升高至70～80℃。溫度達70℃時，以放線菌為主。中溫適合真菌類繁殖，真菌分解纖維與木質素，為細菌及放線菌之100倍，其生長溫度最高60℃，超過62℃以上會死亡。
4. 碳氮比
最適碳氮比為20：1。在堆肥發酵時有機物由微生物分解，而微生物增殖活動能源是營養分中的碳，細胞形成由氮供給，因此需調配適當的碳氮比才能使堆肥發酵正常。一般雞糞的碳氮比為9～10，差異太大需加以適當調整，調整材料以高碳氮比含量大之稻殼、菇類廢棄木屑(太空包)或木屑等較常用（林，1994），且依據翁及林(1997)之報告指出含氮之百分比才是送風、好氣性處理堆肥產生高溫及維持高溫之關鍵。
5. pH值
堆肥發酵微生物喜好鹼性，pH 7～8，而畜禽糞pH低，可用石灰調理。發酵三天後pH達8～9。
6. 混合均勻
改善上、中、下層發酵溫度不均情形、調理水分，並均質化翻堆或攪拌有助於發酵基質的均質化，也可改善固態發酵時質量傳遞，使固體基質的成分均質。
7. 堆積高度
堆積愈高，容積重愈大，孔隙愈小，供氧困難；堆積太薄，發酵溫度不易達到，水分蒸發快。適宜之高度以不超過1.5公尺，機械翻堆則以1～1.2公尺最適宜(林，1994；張，1996)。堆積高度愈高，風阻係數愈大，送風機風壓設計也需加大，相對也愈耗電；反之堆積高度太低，堆肥快速乾燥，堆肥中半纖維素、纖維素以及木質素等不易分解，而造成腐熟不全。
8. 發酵時間
雞糞一次發酵溫度降至常溫之安全發酵時間約30天。
9. 發酵微生物
堆肥發酵以中溫異營菌為主，當發酵溫度升高後，這些中溫菌會被高溫菌所取代。參與堆肥發酵之微生物極為複雜，包括真菌、放線菌、細菌及原生動物，真菌對纖維菌分解力極強，放線菌主要是分解蛋白質類、細菌對有機物都可分解，但實際上各種微生物並非單獨活動，而是有相互的加成作用或拮抗作用。
（二）雞糞堆肥發酵之前處理
雞糞欲進行堆肥發酵之前，因原料雞糞之含水率、碳氮比及pH值等都需加以適當調整，才能使堆肥之發酵正常，其影響較大的是水分調整與碳氮比，但因所用於調整水分之材料也直接影響碳氮比，因此調整含水率是雞糞堆肥處理最重要之工作，而有關水分調整之方法依據林（1997）之報告，提出有四種，包括添加稻殼、木屑、甘蔗渣等農產副產物、機械脫水、塑膠房乾燥及添加已發酵堆肥等。
一般添加之調整材為稻殼（粗糠），其吸水率79%，含水率10～13%，容積密度0.11 kg/L，有機質86.30%；粉碎稻殼：吸水率163%，容積密度0.25 kg/L，有機質99.30%；木屑：吸水率249%，含水率27～35%，容積密度0.27 kg/L，有機質99.30%。堆肥發酵之水分調整在60～65%間，而雞糞以60%為宜，因其纖維含量少，水分含量少，水分含量高於60%以上，則會發生通氣性不良現象，其水分調整之調整材需要量計算公式為：
有機質肥料之登記所訂定有機質成分至少需60%以上。堆肥在發酵過程中有機質會漸漸蒸散流失，為使堆肥品質穩定，符合肥料登記成分低限，在堆肥發酵前需先調整有機質含量，使發酵之堆肥產品能維持一定之品質。全雞糞堆肥之有機質約40～50%，造成之因是雞糞因採用之飼料配方及雞本身消化吸收率高，使雞糞中之有機質與碳氮比皆低。
因此在堆肥發酵時需添加適量之木屑、稻殼或蔗渣，也可與豬糞、牛糞等混合發酵，達到水分、碳氮比、有機質與pH等之調整效果。依實際情況，目前雞糞堆肥之前處理，主要是調整水分為主，其他的考慮因子，則屬配套而已，除非有特殊之考量。
（三）發酵處理
禽糞堆肥製作因採用的處理方式不同，其設施需求、操作條件、腐熟日數、處理成本、產品品質會有極大的差異。一般而言，堆積式堆肥的投資較少，但處理時間長，需2個月以上，堆肥品質也較不均勻；而攪拌式堆肥處理設備投資及操作維持費高，但處理期短，約1個月即可腐熟，堆肥成品品質較均勻。
然而不論採用何種處理方式，水分調整、適當通氣、避免日曬雨淋及防止蒼蠅、臭味的產生等，都是雞糞堆肥製造時必須注意的地方。
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