乳牛瘤胃細菌多樣性分析與新穎脂解酵素基因篩選 - 農業知識入口網

    本研究目的在探討乳牛瘤胃細菌多樣性與以多源基因體學方式篩選脂解酵素基因。乳牛瘤胃內容物以陶瓷珠震盪方式萃取多源基因體DNA，利用細菌16S rRNA 基因專一引子進行PCR 增幅放大，產物選殖於TA 選殖載體，以形成16S rRNA 基因庫，並進行細菌多樣性分析。株系序列以BLASTN 與Genbank 核酸資料庫進行比對，用以確認株系可能代表之菌種身分，結果顯示所有株系皆屬於未被分離培養或未被鑑定者且與瘤胃微生物相關，而所屬菌門則有Bacteroidetes (33/52)、Firmicutes (18/52) 及Fibrobacteres (1/52)。同時，以多源基因體學方式建構多源基因庫，再以功能導向的篩選方式分離出含有脂解活性的株系。結果篩選出3 株具脂解活性的株系，經DNA 定序、open reading frame 分析及序列比對後發現，此3 株系的插入片段具有3 個完整脂解酵素基因(LipoR1、LipoR2及LipoR3)。3 個預測的脂解酵素胺基酸序列經與資料庫比對分析後，發現具最高比對分數之相同性百分比分別為39、86 及62%，依據Arpigny & Jaeger 之細菌脂解酵素分類，其中LipoR1 可能屬於第一類，LipoR3 介於第四類與