利用高通量定序搭配基因改造生物序列資料庫進行已核准與非核准基改品項之偵測辨識 (文獻摘要譯文) - 農業知識入口網

由於在糧食及飼料市場上之基因改造生物(Genetically Modified Organisms；GMOs)數量及多樣性持續增加，使得發展其先進偵測辨識方法有所必要，而此項議題可透過次世代定序(next generation sequencing；NGS)獲得解決。然採用次世代定序策略時，其效率仰賴於能否利用生物資訊學方法，找出轉殖插入片段及其相鄰區域之序列，此部分為具有相當挑戰性的議題。為促進該項工作，我們發展了名為「Nexplorer」的資料庫，並以具備結構性及可搜尋讀取格式，儲存眾多業經註解之基因改造序列。作為概念驗證，我們已發展出一套方法，可透過上述資料庫對含有GMOs之樣本DNA步行文庫(DNA walking libraries)進行定序資料分析。而該方法之效能，則已利用具有代表性的資料集，就GMO例行分析中所可能遭遇之各式狀況進行測試。資料庫引導分析(Database-guided analysis)可在有限時間內獲得詳細可信的資訊。由於上述資料庫使高效率NGS資料分析成為可能，故為NGS定序技術用於輔助GMO例行偵測辨識創造了條件。

譯自：

Saltykova A, Van Braekel J, Papazova N, Fraiture MA, Deforce D, Vanneste K, De Keersmaecker SCJ, Roosens NH. Detection and identification of authorized and unauthorized GMOs using high-throughput sequencing with the support of a sequence-based GMO database. Food Chem (Oxf). 2022 Mar 7;4:100096. doi: 10.1016/j.fochms.2022.100096. PMID: 35415691; PMCID: PMC8991651.