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芒果為深根性多年生果樹，根的主要功能除有固定植株外，可從土壤中吸收水分及養分，同時也能貯藏營養物質。

一般而言，由播種而得的實生苗，有明顯的主根，粗大且直生，使植株較具耐旱、耐水及耐風等特性，芒果商業繁殖大多使用嫁接苗，常以土芒果種子實生作為根砧並嫁接商業品種的接穗，故具有良好的實生根系，但若苗株於育苗盆中生長過久，造成根系老化或盤根等現象，則不利於定植後的生長。

根群發育與品種、土壤條件、植穴大小、生長環境等均有關係，通常在來種(土芒果)和金煌品種之根群較廣且深。栽培地之土壤條件不同，根群的分佈也不同，在土層深厚，地下水位低，通氣性良好，富含有機質的土地，根群分佈較寬廣，植株吸收能力好，則生育也較旺盛，樹體健壯。

芒果算是根系強健且適應性強的作物，產區常位於坡地或土壤條件較嚴苛之環境，故需多加注意水土保持措施，避免土層流失讓根群裸露，影響植株生育。