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設施栽培由於面積較小，又有露蓋材料的遮蔽，蜜蜂常會飛撞覆蓋物而傷亡，使群勢急速衰退而無法達到授粉效果，其授粉技術略有別於一般的開放式露地栽培授粉。為克服此現象應採用外勤蜂隔除法，即在引進授粉前應先 將原有的外勤採集蜂儘量隔除，只剩內勤蜂，再重新組群，搬入才會有效果。

網（溫）室用之授粉群如直接將開放式的蜂群搬入授粉，因蜜蜂已習慣出巢就飛衝習性，將使大多數的外勤蜂衝撞傷亡，其效果必差，為達到理想的效果，應用的蜂群應事先隔離外勤蜂，其方法為在晴天上午蜜蜂大量外出採集時，將蜂群搬離原位三公尺以外之處，並將相鄰的蜂群略靠近搬移，外出採集的蜜蜂仍會記憶原地方而飛進鄰近的蜂群內，至傍晚再將經隔離外勤蜂的蜂群重新組織群，每群應含有封蓋幼蟲脾、幼蟲脾及粉蜜脾，在預定結果前2～3天，先搬入網室內讓其適應。

蜜蜂在設施栽培內的採集（授粉）範圍比自然情形之授粉距離相差很大，一般半徑在30～50公尺範圍以內，即每10～20公畝（1～2分地）約需1群，實際需視作物種類及栽培方式而定，蜂群在預定開花前2～3天搬入，可依面積及地形平均擺放在設施內。