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慈鯛最大的特徵之一，便為分段且具上下關係的側線分布。
魚類體側左右，各具有一條或一條以上的側線 (lateral line)，多數側線分布於體長軸，也就是身體的兩側；但除了由鰓蓋延伸至尾柄處的體幹之外，特定種類在頭部甚至吻端周圍皆有分布。而除了魚類之外，少部分如蠑螈 (salamander, newt) 與俗稱為水生蛙的爪蟾等兩生類物種，甚至是爬行動物中的鱷魚，都有著類似的器官與系統。
以廣被飼養的慈鯛為例，幾乎所有種類的慈鯛，在左右體側都分別有著兩條顯而易見的側線；一條由鰓後緣至背鰭基部延伸至體幹中心，而另一條則稍稍位於前端那條的下方，並繼續向後延伸至尾柄處。其實側線所代表的是一條溝狀或鏈狀的神經感覺器官，只不過在通過體側時，相對位置上的鱗片表面會具有一個孔洞，好讓水流能透過這個孔洞傳遞至下方，然後讓位於其中的神經加以感應，並迅速傳遞或釋放訊息。
或許很多人認為側線就如同出現於魚隻體表上的斑點或線條一般，但事實上側線具有多種類的功能，除了在嗅覺之外，還兼具感應水流、水溫、水壓甚至定向等輔助功能，因此在許多資料中，還會將側線以側線神經系統或側線感覺系統稱呼。此外許多人會以為，側線僅是通過體側的線條，甚至是出現於鱗片上的特殊構造，但其實一般肉眼可及的側線，僅只是表面具有孔洞，且在型態上與其他鱗片略有差異的側線鱗。不過側線鱗的數量，由於在種間存在明顯差異，因此正如背鰭、腹鰭與臀鰭的鰭條數般，成為許多魚類學家在進行種內或種間分類時，經常使用的重要參考依據。
側線對於魚類而言，是相當重要的感覺器官，許多魚類以眼睛感覺明暗或接受視覺影像、以吻端攝取食物，或以鰓部進行氣體交換，然而對於這分部於吻端、頭部與體側的側線，卻同時兼具嗅覺、感應水溫與水壓、察覺水流速度，甚至與靜電的感受密切相關，因此若將側現認定為魚類最重要的感覺器官，想必一點也不為過。
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