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穴盤育苗水分管理目的為使根系健全發育，以及促進幼苗生長健壯。一般水分管理包括澆水時間、澆水量及澆水頻率等，該等管理作業隨著幼苗生育階段與天候狀況而作不同的調節，不是一成不變，穴盤幼苗生育第一階段—種子發芽的水分管理方法。 種子播種之後進行澆水作業，然後將其置於適宜的環境中等待種子發芽，在這段期間的環境條件為黑暗通風，介質維持高濕度，即能順利發芽。另外，必須特別一提的是，從種子播種至發芽這段時間，除維持介質高濕度外，尚需有充足的氧氣含量，因此，在等待發芽這段期間，切忌大量澆水，因澆水後介質在短暫時間內會造成缺氧現象，將阻礙種子順利發芽。