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果樹的整枝作業通常是針對定植後開始生長的小苗為之，但由於部分文旦柚果園可能因為栽培時間較久，使得植株樹型略顯雜亂，樹冠內的通風、光照情形比較不好，因此可能仍須進行整枝的作業。文旦柚樹型通常採用自然開心型，以單一主幹為原則，在主幹上育成強壯的主枝 3 枝，每枝主枝之間最好水平間隔120 度，以使枝條能夠有效的充分利用空間生長；各主枝之間並應保持20公分以上的垂直距離，以避免形成輪型枝的現象；每一主枝與地面角度以 60 度角為主。在每一主枝上可選留亞主枝 2～3 枝，亞主枝與地面的角度維持在20～25度的範圍，各亞主枝應注意交互分配於主枝兩側，以求有效利用生育空間。之後再於每一主枝及亞主枝之上生長發育側枝，側枝最好的位置是在主枝與亞主枝的兩側。整枝雖應於幼年小苗生長時進行，但對於已成年的文旦柚果樹而言，仍可依據上述枝條的配置方式，檢視現有的植株生育狀況，評估是否需進行過多的亞主枝或主枝的剪除。由於主枝、亞主枝是大枝條，剪除時必須分數年進行，第一年先短剪1/2或1/3，第二年再進行一次，最後再行疏剪；修剪時應採用三段式鋸除法以避免樹皮的撕裂傷害。每次修剪後的傷口應塗抹癒合劑或樹脂，防止病原入侵。
在主枝、亞主枝等大枝條的修剪之後（若留枝數合理，則毋須修剪），應進行側枝的修剪。在進行側枝的修剪時，可以先將同一亞主枝上的整個枝組的枝條視為一體，注意單一枝組與鄰近其他枝組間的位置關係，透過適當的修剪改善枝組間的光照透射與通風情況。之後再觀察該枝組內側枝的分佈與生長狀況，對於同一枝組內生長過長的側枝，可進行短剪，以誘引萌發新枝，改進側枝枝組內的空間利用。再將枝組內的下垂枝、交叉枝、病蟲害枝與枯枝等予以刪剪；對於生育不佳、組織較弱的衰弱枝或結果枝，則應視情況完全刪剪或將其短剪以促進萌發新的結果枝。文旦柚的修剪通常是選擇冬季晴朗的時期作業，一次的修剪量不宜超過枝條總量的20％。修剪後的枝條不應留置在果園之內，需將其清理運走，若將枝條隨地棄置或堆置於主幹周邊任其腐爛，則容易造成冬季清園時作業病蟲害防治的死角，會對來年果園內病蟲害的發生造成不利的影響，應審慎注意。對於大枝條修剪後可能會發生的植株枝條曬傷的問題，可在枝條曝曬處塗刷白石灰或是白色水泥漆予以保護。
除了冬季修剪以外，來年春梢萌發生成的徒長枝，亦需注意隨時剪除，以免與果實競爭養分或破壞樹型。在雨季或颱風的降雨之後，常常會誘引氮肥施用過多的果園萌發大量新夏梢，夏梢通常生長勢甚強，若任其自然生長，將與此時正在發育的果實形成強烈競爭，不僅增加養分的消耗降低果實品質，也容易因而破壞樹型，不利後續的生產管理，因此最好能將其剪除。此外，對於因行株距保持不當所形成的密植園，相鄰果樹的枝條彼此交錯重疊，會造成整體果園內的通風不良，以及田間管理時操作人員作業的不便。可事先選好間伐的對象，先將間伐樹的主枝等大枝條從基部疏剪，使其與左右鄰樹間不會交叉重疊，而此時上部枝條則仍可維持果實的生產與收穫；如此逐年將間伐樹刪剪縮小，最後再予以間伐砍除，以改善果園內的環境。