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當歸的生育期間很少有病蟲害發生，僅在種子發芽初期會有地下害蟲為害幼苗，而將幼苗啃食或是剪斷，所以在幼苗的病蟲害防治方面，於移植田間的前二週，可利用菸葉有機堆肥與有機肥一起施用於田間，每公頃施用量為600-800公斤。另外，若栽培地區的土壤為砂質土壤，則可能會有線蟲為害的情形發生，因此在種植土壤的選擇上，應避免砂質土含量過高之土壤，而預防線蟲為害的方法，則是在種植的前二週，於田間施用篦麻粕及蝦蟹殼粉有機肥，每公頃施用量各為500-600公斤。