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瓜實蠅於開花期即進入果園內產卵危害花苞，造成花器受損，影響後續植栽生長，但一般不會侵入子房為害，所以影響有限 (花苞授粉後即摘除)。然而雌蠅仍會產卵於幼果，雖產於幼果的蟲卵孵化後之幼蟲無法存活，但雌蠅產卵造成幼果的傷口已影響果實品質。防治方法與東方果實蠅類似，不同的是以「克蠅」作為滅雄之誘殺劑 (商品克蠅香則是同時含有克蠅及甲基丁香油，同時誘殺瓜實蠅及東方果實蠅)，輔以含農藥之酵母類食物誘餌誘殺成蟲。果園外之作物如朱槿、構樹、篦麻及高莖作物為瓜實蠅成蟲喜好之棲息地，此為瓜實蠅果園外防治的重點。