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大多數農民習慣的留種方式，為將採收後的胡麻種子留取部分，來供作下期作的種原，然而此方法如果田間種原不純或病害嚴重時，可能造成留存的種原品質不佳、種子帶菌等問題，因此留種時應注意以下幾點事項：

1. 參考品種性狀表現，先觀察採種田區內的植株外表型性狀是否一致，如種原純度不高時，建議該田區不進行採種。
2. 採種田四周約300〜500公尺內無栽植其他不同品種，以避免受蜜蜂等授粉者天然雜交的影響。
3. 選擇健康強壯無病害之植株，將該植株種子另外採收，以減少種子帶菌問題。
4. 種原需求量估算：各種播種方式所需的種子量不盡相同，整體而言每0.1公頃約需0.3公斤的種子量，再加上考慮天災重植的可能性，每分地所需的留種量以0.6公斤來估算，而每一株胡麻可採種量約10〜15公克，故如需種植0.1公頃的胡麻，則須採收40〜60棵健康無病害植株的種子。
5. 留種的種子水分含量需乾燥至10％以下再貯藏，貯藏時先用不透氣的PE塑膠封口袋裝入胡麻種子，密封後再套上一層塑膠袋封裝之，最好是冷藏於5～6℃的環境，以確保種子的活力。

留種時，選擇健康強壯無病害之植株，置於網袋中乾燥留種