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荷花（蓮花）英文稱為lotus，它們現今被歸類於蓮科（Nelumbonaceae）蓮屬（Nelumbo）。

而睡蓮（英文waterlily）是歸於睡蓮科（Nymphaeaceae）睡蓮屬（Nymphaea）內。

長久以來，荷花要放在睡蓮科或是該另外獨立一個蓮科，便是植物學家廣泛討論的議題，直到2003年由被子植物種系發生學組（APG, Angiosperm Phylogeny Group）發表的APG II system裡，終於承認蓮科具一獨立系統位置，位於真雙子葉植物（Eudicots）的山龍眼目（Proteales），至此與睡蓮科分道揚鑣。

因此，若讀者查閱年代較早之書籍或前人文獻，可能發現其分類有所出入。如今，在分子生物分類學的研究輔助下，蓮科植物已經被廣泛接受，與睡蓮科正式分家，成為獨立一科，就是我們現在所稱的荷花了。讀者可能覺得疑惑，蓮科與睡蓮科植物之間確實存在許多相似處，但為何分類截然不同，血緣關係差這麼多呢？其實這是趨同演化（convergent evolution）的結果，亦即不同的生物在面對類似的環境時，演化出相似的結構來適應該環境，並非一定要血緣相近，例如魚類與鯨、豚都具有流線型的外觀與鰭肢藉以泅泳於水，蝙蝠與鳥類都具翅膀飛翔在天，但它們的血緣關係卻天差地遠，這都是趨同演化的例子。

蓮科底下只有1屬，即為蓮屬，而蓮屬植物僅有2個種，分別為中國蓮（Nelumbo nucifera）及美國蓮（Nelumbo lutea），中國蓮分佈於亞洲、大洋洲，以中國為世界分佈中心；美國蓮分佈於北美洲，以美國為世界分佈中心。中國蓮多數植株較高大，其栽培品種之花瓣數由少瓣到重瓣、千瓣均有，相差甚大，花色為紅、粉紅、白色系；美國蓮植株較矮，花瓣較少，但其花朵黃色，為其與中國蓮最顯著差異，種名lutea即有「黃色」之意。

臺灣之荷花栽培主要集中於臺南白河區、官田區、六甲區、東山區、柳營區、後壁區及嘉義民雄鄉、中埔鄉、水上鄉、新港鄉，高雄左營區、桃園觀音區及花東地區亦有栽培。荷花不同品種之分類主要以用途、植株大小、花瓣數量、花色等來區分，臺灣常見的荷花品種及性狀如表1所示。

表1. 臺灣常見荷花品種及其性狀與用途。