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海鱺是台灣箱網養殖產業的主要魚種，但近年來，陸續發生養殖過程中，易感染疾病、早熟、成長遲緩及畸形率等問題，影響產業發展甚鉅。台灣的海鱺繁養殖技術是在1990年建立，透過捕捉野生種魚，經人工催熟及授精而得，由於人工養殖海鱺二年即具有繁殖能力，故往後繁殖場所使用的種魚均由此而來，到目前已經近親繁衍超過10代，這造成養殖魚種的基因歧異度降低，子代出現成長遲緩、畸形率增加、易罹患疾病、早熟等結果。

多年來，水產試驗所東港生技研究中心，已進行海鱺育種繁殖計畫，目的是透過選育的種魚來繁殖生產健康優質的海鱺魚苗，改善養殖海鱺的品質，進而推廣予繁養殖業者，增加養殖效益。首先從天然海域中捕捉野生海鱺，移入水試所陸上池塘中馴養培育，等到成熟體型後，進行繁殖及育苗試驗，對培育出的海鱺仔魚進行各種測試，再篩選抗病性強及成長迅速的海鱺子代作為種魚，以改善種的品質。

結果顯示，野生海鱺種魚繁殖的魚苗，在剛孵化階段，畸形率降低許多，僅為5.67% (一般近親化魚苗為17.67%)，孵化後25天仔魚畸形率，野生海鱺種魚之仔魚僅0.06%，遠低於一般近親化仔魚(6%)，另外，在飼料效率及對發光菌抗病力表現上，同樣是野生海鱺種魚繁殖的子代有較好的表現。這顯示，經野生海鱺交配繁殖的海鱺子代，有明顯的生長優勢，可有效解決海鱺養殖上面臨的問題，海鱺育種選育是可行的。目前計畫研究成果中，已有部分技術轉移給養殖業者，未來水試所仍會持續進行海鱺選種、育種及保種的研究，協助解決養殖上的問題，以促進海鱺養殖產業發展。