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為降低農藥使用對環境之衝擊，長遠而積極面為導入永續經營理念，施行有機農法，不用農藥，則可徹底避免；短期則仍須注重農藥使用對環境安全之風險評估，瞭解某一農藥施用後對水體、土壤品質、非目標生物、生物多樣性之影響，而提出合理之管制措施及使用方法。「劑量決定毒性」為毒理學之基本原則，世上無保證絕對安全之化合物，化合物之是否安全，主要在於其如何安全的使用，因此能由不同之試驗及風險評估而得出愈完整之資料，則愈可控制或管理風險，使其危害風險降至最低，此為風險評估之原則。

歐盟植物保護藥劑登記指引91/414中，規定須進行人體(取食及工人、農民等)及環境(土壤、水及空氣)之風險評估，即農藥必須有安全界限值(margins of safety, MOS)或毒害量/暴露量比(toxicity to exposure ratio)等資料方可進行登記審查。因此，農藥登記上市之基本前提為對使用者、操作者及消費者無不可接受之風險。至於農藥之風險減輕(Risk mitigation)則須考量：適用之田間範圍、施藥時緩衝帶(buffer strip)大小、減低施藥量(施藥率、時程及施藥次數之降低)、限制施用之土壤性質或區域、施藥之安全防護、相關安全標準及規範(如農藥接觸者之保護法、揮散或流佈之限制)之訂定等因素。

依據風險評估之結果可進行下列處理措施：
(一)提供更明確之農藥使用資訊。
(二)與農民合作解決病虫草害之問題。
(三)可幫助農民安全使用農藥(包括：環境保護、食用作物安全、運輸、配藥及施藥安全、廢棄物處理等)。
(四)發展更安全之劑型。
(五)注意高風險使用方法及地區之限制等，以減輕風險。

此外，為了安全施用農藥，降低農藥對環境之衝擊，農藥之施用必須注意以下各點：
1.請教學者專家辨明病蟲害發生的原因，依照「植物保護手冊」所推薦之方法用藥，對症下藥。
2.使用低毒性或生物製劑農藥。
3.詳讀農藥容器上之標籤，了解藥性、稀釋倍數、用藥量、安全採收期及防護措施。
4.定期維護施藥器具之正常操作，施藥後身體及器具應加清洗，並應有適當休息，施藥前後應禁酒。
5.施藥後田間應設立警戒標識。
6.同一地區避免長期施用同一種農藥，以免引起抗藥性及土壤累積或影響土壤微生物。
7.採取輪作及休耕措施，避免農田土壤受持續施藥之衝擊。
8.山坡地禁止使用殺草劑，以人工除草或覆蓋等方式替代。
9.高溫、多濕及風大之氣象條件下避免噴灑農藥，可防止藥害、空氣污染及飄散至它處而造成其它作物受害。
10.魚毒性高之農藥施用時須避免污染水體，影響水生生物。
11.勿用標示不清，來路不明之偽劣農藥。
12.勿任意自行混合農藥，藥劑混合施用前先行小區域試驗，觀察無藥害發生後再施用。
13.農藥容器應集中消燬並作適當處理，避免污染環境。