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由病原菌、害蟲與寄生性生物所引起的病害稱之為流行病害，除此之外，由於植體自身生理代謝過程中發生不協調所致的一種病變，稱為「生理病害」，其致病原因可能屬於栽培管理不當，亦可能是極端的環境因子 (溫度、水分、光線等)、營養不均衡等原因所引起的，原因多重、複雜，因子間交互作用且因果關係不易闡明，芒果生理病害如下。

缺硼症

• 症狀：主發生在幼果與果實肥大期，果肉出現黑褐色或水浸狀之斑點，大小約數毫米至數公分。病斑有時呈空洞狀，果實外觀正常、或畸型、或裂果，並造成嚴重落果。
• 發生原因：土壤缺硼或土壤酸鹼值不適，幼果易出現缺硼症狀。
• 預防措施：發病果園於花芽形成至生理落果期，每隔10~14天噴施一次硼砂，硼砂以熱水溶解，稀釋400倍；或使用水溶性硼素(或含硼之綜合微量元素) 2000倍，10天一次，2-3次。過去曾發生缺硼徵狀之果園，隔年度需先預防性補充，待缺硼徵狀發生時才行補充為時已晚。

果實轉色不佳(青頭或青尾)

• 症狀：果實成熟無法轉色，在果梗端(俗稱青頭)或在果尾端(俗稱青尾)表皮呈現綠色，相對應的內部果肉仍然硬實，即使充分照光或用乙烯催熟亦不能夠完全消除。
• 發生原因：在中果期偏施氮肥、或土壤中有效氮含量過高，如果施用肥料而未即時灌溉，待到中果期遇到下雨才釋放出吸收，則代謝不及，尤其是肥沃的砂質壤土加上排水不良的平地果園較易發生。
• 預防措施：中果期後，尤其在生理落果之後避免施用含氮肥料。應合理化施肥，且施肥後充分灌水以利氮素吸收代謝，切勿等自然降雨而延誤時機，平地果園需注意排水。

果皮流膠

• 症狀：發生在中果期果實肥大的時期，在果目處崩裂流出乳汁，套袋之後會粘著紙袋，待成熟採收拆袋後，果實表皮會呈現黑色斑塊。
• 發生原因：果實肥大時，因果肉與果皮發育加速，然而二者有一定生長速度比率，若此時高溫或外加刺激肥大的物質如液肥，則容易使果肉發育肥大的速率快於果皮，造成果皮崩裂，通常會在果目(皮孔)處流膠。
• 預防措施：避免在果實上施用液肥，提早套袋保護果皮。

日燒

• 症狀：發生在中果期果實肥大後，在果肩之向陽面發生灼傷，色澤偏淡。
• 發生原因：當果實肥大時，尤其是午後陣雨後連續多日的豔陽高溫下較易發生，加上果實越大其對高溫的敏感性越大。
• 預防措施：提早套袋以免果實生長後期遭受高光照刺激，最遲在五月下旬之前完成套袋。避免使用非推薦用藥資材於果皮上，以降低風險。

果肉生理劣變

症狀

• 凝膠果肉：種子周圍的果肉類似果凍狀，嚴重時果肉崩解。
• 頂腐病：亦稱軟鼻病，果實末梢明顯軟化，嚴重時果肉成海綿狀灰黑組織。
• 瘤塊組織：果肉中含有白色塊狀物，為高密度的澱粉粒，類似未後熟的果肉。
• 果梗端空洞：指果梗與硬核之間果肉發生崩解，使連結兩者的纖維斷裂，形成空洞症狀。
• 海綿組織：果肉顏色變淡成海綿狀，內部有時會散佈一些空洞。
• 其他：在果實末端接近種子的果肉褐變、木栓化及組織空洞化。

預防措施：

• 控制採收時間及成熟度：果肉生理劣變發生程度與果實成熟度密切相關，果實達硬熟期後，越晚採收則生理劣變越嚴重，故不宜過晚採收，可經由品種特性及花後生育日數判斷採收期，生育期若高溫多晴日，光合作用旺盛，成熟期可能稍有提前。若為採收後催熟之品種，逐批採收時需留意果實品質，若發現生理劣變越趨明顯，則不宜再放，應盡速完成採收作業。
• 勿生產過大的果實：同一品種，果實越大生理劣變比例越高，因此勿刻意生產過大的果實，恐使劣變風險增加。
• 營養元素補給：果肉劣變發生率較高地區，果實含有較高的氮元素及較低的鈣元素，故花果期應多補充鈣肥，切忌為增大果實而過量施用氮肥。
• 改善果園水分管理：果實發育後期，降雨機率增加，應注意田間排水，尤其地下水位較高的果園。