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線葉二藥草（Halodule pinifolia）其形態與單脈二藥草相似，二者容易混淆，過去描述澎湖線葉型的海草多被指為是本種，但經水試所在2011年針對澎湖28處進行普查時發現，二藥草屬的種類以單脈二藥草為主，且僅在岐頭與青灣內灣2處海域有紀錄，差點誤將線葉二藥草當作澎湖海草的主力部隊。二者最大的辨別在於葉片寬度，本種葉片纖細，葉寬在1mm以下，且植被密度較為稀疏。其復育策略應與毛葉鹽草相同，採原棲地復育，擴大增加現有族群數量為優先；待族群穩定後才考慮異地復育，擴大族群之分布。

分類地位：澤瀉目、水鱉科、二藥草屬。