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臺灣過去海草和海藻常被混為一談，海草在命名的時候都被冠上「藻」，如「臺灣植物誌」就將卵葉鹽草記載成「卵葉鹽藻」，常會將海草誤以為是沒有維管束的簡單生物。因此在2016年後就將藻改為草，可以更準確的反映海草是具有維管束、會開花結果的真植物，而非傳統上屬於藻類的真核或原核生物。

海草為單子葉顯花植物，具微管束（運送養分）、根、莖及葉的構造，會開花結果並產生種子，其可在海水環境中進行各項生理代謝及世代交替（圖2）。而大型海藻（Marine algae）通稱為海藻，其藻體為簡單的葉狀體（thallus）（圖3），其生活史具有孢子體（sporophyte）及配子體（gametophyte）等2種世代，並不具有上述海草諸多特徵。

海草具有明顯的根、莖及葉(毛葉鹽草)

大多數的海藻外部型態多為葉狀體(大葉 仙掌藻