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果樹是長期作物，以文旦柚而言，其經濟生產之年份將可達數十年以上，並且果樹植株毋須更新，因此果園的環境條件便產生了根本且長遠的影響。目前有機栽培的文旦柚果園，幾乎都是由一般栽培的既有果園轉型而來，因此，設置新果園時需考量的果園位置等因素可略去不提，不過在果園的栽培環境上，還是須要做一些調整。首先是緩衝區的建立，有機栽培的文旦柚果園應當具有適當的防止外來污染之圍籬或緩衝帶等措施，可以選擇使用不織布圍網或設置綠籬。由於本區發生天然災害的機會較大，也可考慮趁此機會建立果園防風林，以減少損害；例如民國96年聖帕颱風直接侵襲花蓮縣瑞穗鄉，導致該區發生平均受害率（落果率）80%以上的災害損失，但也發現有因為北邊成排的樹木，因而將落果率減少至20％的文旦柚果園。除了隔離措施以外，果園內的灌溉水質及農地土壤之重金屬含量應進行檢測，檢測結果必須符合「有機農產品管理作業要點」規定，方得以從事有機農業的栽培與生產；相關容許量標準詳如附件。