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有機栽培禁止使用合成化學物質及基因改造生物之製劑或資材，也就是不能使用化學農藥進行病蟲害管理，然因台灣高溫多濕，病蟲害發生頻度大，因此如何有效的防治病蟲害的發生，可說是有機栽培的重大挑戰。從事有機栽培對於病蟲害的防治，可以單獨或合併使用物理、非農藥或生物等防治方式進行之；物理方式是指套袋、黏板或長期浸水等方法，非農藥防治方式是指以天然礦物、動植物等天然物之抽出或萃取物為之；而生物防治方式則是利用寄生或捕食性天敵，或者是利用拮抗菌等方法，以降低病蟲害的族群密度，進而達到控制病蟲害發生的目的。除此之外，改進通風光照與環境衛生條件以養成健康樹體，也是重要的病蟲害防治方式之一。然而不可諱言的是，目前對於有機栽培的非農藥防治方式之研究與其防治效果尚不及傳統化學農藥，各類天敵等生物防治法亦須多方條件互相配合方能成效，因此各項有機栽培的病蟲害防治方式，皆仍需田間實際之應用與觀察。