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土壤中的有機物在微生物的作用下，除了能夠釋放出營養元素供植物吸收利用之外，還有一個很重要的影響，就是能夠形成土壤有機質，使土壤形成團粒結構，讓土壤鬆軟、增加通氣性與排水性，另具有增加土壤保水與保肥能力的作用；土壤有機質還可以促進土壤有益微生物的活動，以及增加土壤的緩衝能力，可謂效益良多。而如何才能增加土壤中有機質的含量？最直接的方法就是施用有機質肥料，特別是施用碳氮比高的腐熟有機質肥料，也就是指有機質肥料中的氮素含量較少、有機質含量較高，較不易分解的有機質肥料種類；此類有機質肥料改良土壤的效果較大並且較能持久。除了施用有機質肥料以外，草生栽培、中耕翻土、酸性土壤施用石灰等方法，也可以增加土壤中有機質的含量。