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秧苗病害主要經由種子及土壤兩種途徑傳染，要培育優質強健秧苗，須做好種子及土壤消毒。一般稻種上往往附著有許多的病原微生物或害蟲，若未在育苗前進行稻種消毒殺菌，種子本身所夾帶之病原可能因此蔓延到田間，進而形成大規模的病源擴散，造成農民嚴重損失。使用水稻連續式種子溫湯消毒設施，利用物理溫湯消毒方法代替化學藥劑消毒，極適合用於水稻有機栽培育苗階段之稻種消毒，可有效取代農藥之使用及其對環境造成之污染，並提升有機栽培健康優質秧苗品質。育苗業者可利用溫湯殺菌消毒技術搭配水稻有機栽培育苗技術來調配育苗土及播種處理，如此將可防止由稻種、土壤及稻殼所帶來之苗期病蟲害問題，並以此建立從育苗至田間栽培及收穫等之一貫化有機栽培程序。