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一般有機稻田宜分二次整地，第一次整地配合施用基肥（有機腐熟堆肥）及將前作之稻草或其他作物莖葉、廢棄殘渣等耕犁埋入土中，田間灌水保持濕潤狀態，以促進有機物質腐熟分解並讓田間雜草萌芽，秧苗移植前3天再行第二次整地(此時可以依據需要施用豆粕類有機質肥料，有效加速水稻初期生育及分蘗)。有機稻田前作若種植綠肥作物時，宜分二至三次整地，第一次整地應在綠肥作物生草產量達最高峰，莖葉柔嫩多汁尚未木質化時耕犁埋入土中，耕耘掩埋深度以10～15公分較佳，且土壤應保持濕潤，以加速綠肥植體的腐熟分解。綠肥耕耘掩埋後15～20天再進行第二次粗整地，插秧前再灌水進行第三次整地，整地應力求平整以利灌排水，確保秧苗存活，且可利用田間湛水抑制雜草萌生。