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清洗對於農藥殘留移除的效果受到農藥種類、清洗方式及蔬果本身等因素影響。農藥種類可區分為系統型及接觸型農藥。系統型農藥一般是水溶性且具有移行性，可被植物吸收的農藥，吸收後隨水份輸送均勻地散布到植物的體內，無法透過清洗完全去除。接觸性農藥是接觸性農藥在植株中的移行性小，容易附著於植物表面或累積於臘質結構中，大多殘留於作物表面，因此清洗或去除外皮外葉即可去除。清洗蔬果是以流動水清洗加上去除外皮、外葉或蒂頭是最簡單有效的方法。民間傳說添加鹽浸泡可幫助去除農藥殘留，然而鹽會造成滲透壓，反而有讓蔬果表面農藥進入內部果肉的疑慮。以化學物質如界面活性劑來浸泡蔬果則會有增加添加之化學物質殘留疑慮。依據不同的蔬果類型，妥善清洗蔬果可以降低農藥殘留。依據不同的蔬果類型，妥善清洗蔬果可以降低農藥殘留，各類蔬果清洗方式如下表: