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薏苡採用水田移植方式栽培，雖增加育苗及移植作業的費用。但先育成秧苗再移植田間，幼苗發育時間齊一，避免旱田直播時種子發芽不整齊，或缺株的問題。產量較高且穩定。配合機械插秧移植、機械採收可達到省工栽培的目的。水田移植需注意的事項如下:
1.整地
可分兩次進行。第一次粗整地，在整地前需先使前期作物殘株充分乾燥分解，整地時將之深耕埋入土壤；第二次整地須確實整平，避免出現低窪積水處，影響幼苗生長。
2.種子預措
為防止薏苡黑穗病，浸種前可先以50%三泰芬可濕性粉劑及50%免賴得可濕性粉劑，稀釋1,000倍消毒，清洗後浸種3日，早晚換水，再行催芽1晝夜。薏苡籽實經浸種催芽後，發芽較整齊、幼苗生長一致。
3.育苗移植
為培育健康、生長齊一的幼苗，以利移植工作進行，種子播種於育苗箱前需先充分浸種催芽，播種量每箱薏苡籽實180-200克，每分地需準備18-20個育苗箱。春作育苗時氣溫較低，需15日成苗，秋作育苗時氣溫較高，需8日。移植密度可採行株距30X15公分或(60+30)X15公分雙併式插植法。
4.施肥方式
薏苡生育所需肥料用量每公頃需氮素150-200公斤、磷90公斤、鉀135公斤。一般移植前整地，同時施用25%氮肥、鉀肥及全量磷肥作基肥，移植後30日施用25%氮肥做追肥，餘50%氮肥及75%鉀肥於薏苡開始抽穗後的始穗期、抽穗期、開花期分2-3次施用。栽培期間應避免長期湛水，田間保持濕潤有助薏苡生長。