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海草復育目前以「根狀莖法」效率最佳，但需要大量的種苗才能進行復育。本所澎湖中心目前在澎湖海域所復育的海草之來源，為避免擾動其他海域的天然海草床，均採集自2013年由澎湖中心再通梁海育所復育的海草床。但隨著海草床的保護與復育之意識愈來愈受重視，不論是政府或民間也紛紛進行復育工作，所復育海草的種原需求量也將會逐年增加，為避免因復育海草而造成天然海草床的擾動，因此亟待建立海草復育種原庫。

有鑒於此，澎湖中心與澎湖縣白沙鄉港子社區攜手合作，於2024年利用社區所代管的閒置魚塭內，面積近1公頃，進行魚塭底質改善與海草復育，作為潮間帶海草復育之種原庫。未來每年可提海草植株6百萬株，復育的面積可達6公頃。