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澎湖中心近年在澎湖海域所復育的海草床，除了2023年在通梁海草復育區種植60 m²的海草，現在面積已擴增近5,000 m²，所復育的海草目前除供作澎湖各海域復育海草用的種原外，也應用於俗稱沙蟹的遠海梭子蟹放流重要的場域，可有效提高蟹苗的活存率與成長率，增裕近海漁業資源。另外也在虎井的低利用度漁港，進行海草復育，2022年種植了100 m²的海草，2024年已擴增至900 m²，2025年更達1,200 m²，除了提供更多海洋生物棲息地之外，在海草擴生後，也發現有海龜在所復育的海草床覓食與休息。

港子海草床受海沙淤積而逐年被覆蓋，澎湖中心於2023年執行澎湖縣政府農漁局劣化棲地改善委託計畫，將在海草床所淤積海沙進行移除，海草逐漸恢復，建立經由劣化棲地環境改善復育海草的模式。並透過農業部前瞻計畫，精進海草復育技術與應用，提升海草移植效能；也與國立臺灣海洋大學周文臣老師團隊合作探討所復育的海草碳儲存的能力。在已建立海草復育相關的技術上，媒合企業結合社區，透過海草復育ESG專案的方式，進行海草復育與推廣，參與的企業包括中國信託金融控股股份有限公司、合作金庫商業銀行、今周刊及Xpark，並透過農業部ESG STORE平台，參與的企業持續增加中。