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水稻有機栽培是屬於高技術栽培，栽培過程環環相扣。
有機稻作為我國最具代表性的有機農業作物之一，其生產體系屬於高技術、綜合管理的栽培模式，涉及品種選擇、田區環境、水分管理、養分供應及病蟲草害綜合防治等多層面環節。整體栽培過程必須以「生態平衡、環境永續、糧食安全」為核心理念，藉由建立健康的土壤—水體—作物系統，達到穩定產量與優良品質並行的目標。
有機稻栽培地點宜避開工業區、交通幹道及污水排放源，確保環境背景值低污染；所用稻種必須來自通過有機驗證或未受污染的採種田，並經溫湯消毒以防病原傳播。育苗階段重視秧苗健壯性，以培育具抗逆性的生理健苗為原則。土壤管理為有機稻作之根本，透過有機質肥料、綠肥作物與堆肥施用，提升土壤有機碳含量與微生物活性，改善理化性質與養分緩衝能力，形成良好的生態基礎。
田間整地須力求平整，以利灌排與除草操作。插秧密度與株行距的合理配置，可維持群體通風透光，減少稻熱病、紋枯病等病害發生風險。雜草防治採綜合策略，包括稻田水層控制、人工拔除、除草鴨放養及使用核准之有機資材等。病蟲防治則依據害蟲族群監測與氣候預測，運用天敵保育、生物製劑及植物性防治資材，兼顧防治效果與環境安全。
養分管理方面，以有機質肥料及再利用資材為主（如堆肥、米糠、豆粕、魚粉等），配合分次施肥與追肥策略，促進稻株穩定生長，避免過度營養生長導致倒伏或品質下降。水分管理為稻作關鍵，採「間歇灌溉」或「薄水管理」，可降低甲烷排放並抑制雜草萌發，兼顧節水與環保效益。
收穫期的掌握則影響稻米品質與胴裂粒率，應於穗部黃熟達九成時適期收穫，並以低溫乾燥維持稻米風味及胚乳結構。隨後進行碾製與包裝過程時，須確保與慣行產品隔離，以維持有機產品可追溯性與驗證完整性。
整體而言，有機稻米栽培是以「科學管理」結合「生態農法」的系統工程，透過技術創新與精準管理，能在降低環境負荷的同時維持產量穩定，並生產具高營養價值與市場信任度的安全稻米。隨著國內有機技術研發與驗證制度日趨成熟，有機稻作已成為最具示範性與推廣潛力的有機作物，亦是推動台灣農業永續發展的重要支柱。
- 栽培地點應避開環境汙染。
- 栽培品種應選擇適栽品種，稻種來自無污染之採種田種子。
- 育苗過程應充分進行溫湯消毒工作，培育健壯秧苗。
- 培育健康肥沃之土壤，可以讓水稻永續經營。
- 水田整地宜平整，以利栽培管理。
- 秧苗移植支數及插秧密度應適當，可以有效控制病蟲害。
- 田間雜草應有效控制，避免與水稻生長競爭，影響水稻生育。
- 有機質肥料應合理化施用，可以穩定產量及降低病蟲危害。
- 施用有機資材防治高密度的病蟲危害，仍是必須施用的手段。
- 水分供給與水稻的生育關係最密切，必須適時適量進行灌排水管理，避免環境逆境對水稻造成不利之影響。
- 適當時間收穫，可以穩定水稻產量並提升稻米品質。
水稻是國內最基本的栽培作物，相關技術已經有完整的研發及推廣，配合國內近幾年對於有機栽培相關技術之研發，為最容易入門之有機栽培作物。
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