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設施玫瑰較易發生之病害有白粉病、露菌病、灰黴病、枝枯病、炭疽病及腫瘤病等，而黑點病幾乎絕跡。
其各項病害之病原種類、病徵、發生環境、傳播途徑及防治方法，如下說明：
（一）玫瑰白粉病（powdery mildew）
1.病原： Sphaerotheca pannosa真菌
2.病徵：
3.發生環境及傳播途徑:
(1)秋末開始發生、冬季玫瑰產期害最嚴重、直到春末夏初逐漸減少。
(2)夜溫15℃，相對濕度高達90﹪~99﹪，最適宜孢子的發芽和感染。
(3)白天溫度26℃和相度濕度40－70﹪有利於分生孢子成熟和飛散。
(4)其孢子逸散由清晨6~8時開始，以後隨著濕度之降低及溫度之升高逸散數目逐漸增加，到下午2~4時達最高峰；以後即逐漸減少，至夜晚零時以後停止逸散。病菌分生孢子主要靠風傳播而不經雨水傳播。
4.防治方法：
(1)栽培較耐病品種其中玫瑰葉表光亮者一般較抗病。
(2)噴水可有效降低白粉病為害（一天噴二次）；而噴水時間不會影響效果；水量愈多愈好；一星期噴5天以上者白粉病幾乎不發生。但濕度太高時需防露菌病之發生。
(3)防治藥劑請參照 //植物保護資訊系統 https://otserv2.tactri.gov.tw/PPM/
（二）玫瑰露菌病 （Downy mildew）
1.病原：Peronospora sparsa真菌
2.病徵：如圖示
3.發生環境及傳播途徑:
(1)一般於春季或梅雨季節較嚴重；即本病發生於低溫高濕之環境。
(2)環境濕度低於85﹪時，不會發生露菌病。
(3)孢囊(子)發芽最適溫度為18℃；孢子在溫度27℃以上，經24小時後會死亡。
4.防治方法:
(1)栽培耐病品種。
(2)控制溫度（27℃以上）或濕度（85﹪以下），則病害自然減少。
(3)防治藥劑請參照 //植物保護資訊系統 https://otserv2.tactri.gov.tw/PPM/
（三）玫瑰灰黴病
1.病原: Botrytis cinerea真菌
2.病徵:
3.發生環境及傳播途徑:
(1)低溫（10-18℃）高濕時發生嚴重，冬末春初極易發生。
(2)在密植、偏用氮肥、生長呈軟弱時易發生。
(3)寄主範圍極廣，幾乎所有花卉都會發生。
(4)借水、風及外力碰撞灰色黴狀物（孢子）傳播。
4.防治方法：
(1)不可種植太密，避免偏用氮肥。
(2)田間發病時，摘除被害部並燒毀，此時避免用噴霧式澆水。
(3)選擇通風良好處種植或人為控制濕度，則病害自然減少。
(4)防治藥劑請參照 //植物保護資訊系統 https://otserv2.tactri.gov.tw/PPM/
（四）玫瑰枝枯病 （Stem canker）
1.病原: Coniothyrium sp.真菌
2.病徵:
3.發生環境及傳播途徑:
(1)本病以菌絲在莖上或其它感染的部位越冬。
(2)藉著風吹或水滴擴散孢子。
(3)全年都會發生，在生長力弱的夏天較為嚴重。
(4)侵入的主要途徑經由表皮受傷處；而傷口則源自於修剪枝條時的刀傷或刺的相互磨擦或破損葉片的疤痕等都是引起傳染的途徑。
4.防治方法：
(1)修剪枝枯病的枝條修剪部位應在感病部位以下２～３吋的區域，或者修剪至強壯的枝條為止，剪下罹病枝條，應立即燒毀。
(2)剪刀必須浸入７０﹪酒精或家用漂白水消毒。
(3)避免高濕環境下修剪。
(4)防治藥劑請參照 //植物保護資訊系統 https://otserv2.tactri.gov.tw/PPM/
（五）炭疽病： （Anthracnose）
1.病原: Colletotrichum sp. 真菌
2.病徵:如圖示
3.發生環境及傳播途徑：
(1)病菌孢子有點粘性，通常借著水的飛濺傳播。
(2)本病由撚枝處傷口侵入感染。
4.防治方法：
(1)清除罹病嚴重之植株，並立即燒毀，以減少感染源。
(2)避免高濕環境下進行撚枝，減少病原菌侵入之機會。
(3)防治藥劑請參照 //植物保護資訊系統 https://otserv2.tactri.gov.tw/PPM/
（六）腫瘤病 （Crown gall）
1.病原：Agrobacterium tumefaciens Conn. 細菌
2.病徵：
3.發生環境及傳播途徑：
(1)病原菌之寄主範圍相當廣泛，至少感染138科588屬1193種以上的植物，其主要為害雙子葉植物，也感染少數的單子葉植物及裸子植物。
(2)病原細菌由玫瑰傷口侵入，傷口之產生包括修剪、嫁接、耕作時產生之傷害、昆蟲咀嚼、強風造成枝條擦傷及側根形成時等。
(3)病原細菌最適感染環境為24℃及高濕，此環境下約需24~48小時方能完成侵入感染；病原細菌侵入植物後，其內之質體DNA便轉移到植物細胞內染色體上，使傷口附近之植物細胞變成腫瘤細胞，此些細胞便開始大量分裂增殖及肥大，而形成腫瘤。
(4)病原細菌侵入植物後到腫瘤形成，因寄主種類、寄主植物生長狀況及環境而有差異，從1星期到數月都有可能。
(5)一般颱風過後，腫瘤病會在地上部枝條嚴重發生。
病原菌大量存在新成腫瘤之表面附近，因而修剪工具剪到腫瘤後，會藉由剪刀將原細菌傳播到健康植株。
(6)老化後之腫瘤部分組織會脫落，病原細菌會被釋放出，並藉由土壤之搬移或水流傳播；如無寄主植物存在，病原細菌族群會在土壤中漸漸減少，不過病原菌可在土中存活至少2年。
4.防治方法：
(1)使用無病原存在之健康玫瑰苗。
(2)種植耐病品種:目前臺灣栽種之玫瑰品種中，以愛斯基摩及迪斯可最感病，而莎蔓沙則較耐病。
(3)種植玫瑰或耕作時，避免傷害到根或莖基部，成為病原細菌侵入路徑。
(4)修剪工具可用酒精或0.5﹪次氯酸鈉或熱水進行消毒。
(5)修剪後之傷口應保持乾燥，以不利病原菌侵入感染。
(6)發現腫瘤病，應馬上移除(剪除)感病植株(枝條)，以減少感染源。
(7)國外應用細菌Agrobacterium radiabacter strain 84做為生物防治用，可有效降低腫瘤病為害。
(8)可與單子葉植物輪作，以降低感染源。
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