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深水式養殖和淺坪式養殖最大的不同就是將池子的水位加深。因此養殖管理上也有所不同。由於總水體較大，單位面積的放養量增加，提高土地生產力。
深水式池子與一般養殖池相同，池子最好要有可排注水的水門，或使用大型的塑膠管作為排注水的設施。池子的深度一般在1－1.5 m，也有深至2 m以上者。由於水深較深，底層的水交換不易，最好能加裝抽水機(或用沉水馬達)將水抽到上層，使上下層水可以互換，維持較佳的水質。
池水的水質以略含鹽分最佳。如池水鹽度相似於淡水，則魚苗放入時應充分馴化或先加入粗鹽使鹽度提高後再放養，避免因放養後適應不良，造成大量死亡。高鹽分地區由於餌料係數高(換肉率較差)，成本較高，需再飼料上加以改進，以提高其增肉率，以降低飼養成本(餌料)，較能獲利。
深水式養殖的產量比淺坪式好，一般每一季每公頃養殖10,000－20,000 尾，也有高至25,000 尾者。再放養魚苗的選擇上，由於深水式魚池中含有許多輪蟲及橈足類可供魚苗攝食，魚苗成長快速，活存率也高，故可以選擇較小的魚苗，最小可以從兩吋苗開始放養。而魚花價格便宜，開始放養時不必投餵飼料，無形中可以節省在魚苗階段的成本。
在深水式養殖中，是養殖情況ㄧ年大約可以養殖兩季，也有一季或者三季者。如只養殖一季，通常是和其他魚類混養或者是水質不好及養殖的密度過高，養成需要較多時間。要養殖到三季，就必須放養較大的魚苗縮短養成時間。深水式虱目魚養殖一般使用配合飼料，利用自動投餌機投餵，時間從每天早上8 點開始至晚上6 點結束，投餌量約其體重的3－5%，餌料係數為1.3－1.6 : 1。養殖魚成長情形隨放養密度、水質、攝食情形、餌料品質與養殖管理等而不同，一般8 寸魚100 天，5 寸魚110 天、2 寸魚120 天，可達1.1－1.2 尾斤左右。每季每公頃可收獲15,000－25,000 斤。
深水式養殖的收成量比淺坪式養殖高，但在收成上市時如能避開淺坪式的收成時間，可以避免因產量過高而使價格低廉。另外，深水式養殖的虱目魚，脂肪含量較高，魚肚較飽滿，適合作虱目魚肚，故一般價格又比淺坪式養殖高。
(資料來源:虱目魚160)
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