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將池水中的受精卵收集以後，必須先用海水清洗去除雜質，並讓含有受精卵的水體靜置一段時間，健康的受精卵會懸浮在水體中而未受精的卵以及呈現白霧狀的死卵則會沉澱在底部。可將好卵與死卵分離。 受精卵濕重每公斤約80 萬粒。孵化時可將其置於室內小型池也可置於室外大型池，主要是看魚苗的產量而定。魚苗產量小時，可以將受精卵放在注入海水的0.5－1.0 噸圓形玻璃纖維桶或4.5 × 3.5 × 1 m 水泥池中孵化，需充分打氣，放養密度為每噸水放入約1－3 kg 的受精卵。海水的條件控制在水溫約29－30℃以及鹽度31 psu 下，受精卵約在21－28小時後孵化。
當魚苗產量大時，亦可以將受精卵移至室外大型池進行孵化及仔魚培育。虱目魚苗可以適應室外的光線以及雨水。室外培育池的優點是建構成本低、操作及管理簡易、仔魚成長快且適應力強、大面積飼育池能生產大量魚苗等，缺點是亦受天候影響。在業界主要是以室外池為主要培育虱目魚仔魚的場所。 在室外池的養殖管理，魚苗培育池面積為200－300 m2，水深1.0－1.2 m，池底須用土泥防滲水，並在土泥上鋪約30 cm後的沙質層，有利於魚苗的收集。池中每2.5 m要鋪設打氣石，供給細密而充足的空氣以增加溶氧，並在培育池的上方架設黑網以避免日光照射過強，光強度控制於1,000－3,000lux。培育池放入受精卵前，須先養澡水，讓水色偏綠色，避免水質透明度太高而不利仔魚發育。
剛孵化之虱目魚仔魚魚體透明、還帶著卵黃囊供給養份且已有游動能力、仔魚全長約2.9－3.6 mm。孵化後第2天後有趨光性(但不喜強光)及趨流性(躲在水流強的區域)。敷化後第3天開始有索餌覓食的行為，仔魚培育時期使用的餌料生物有微藻、牡蠣受精卵、輪蟲及豐年蝦幼蟲或橈足類分別於孵化後2－21，3－8，5－21，8－21 天時投入飼育池餵飼；魚粉及微粒飼料則於14－21 天時投餵。 虱目魚仔魚對疾病抵抗力很強不太須要擔心病害的問題，但在水溫及鹽度上的改變較敏感，須注意溫度鹽度盡量維持在適當的範圍內。另外，池中藻水過濃則可能引起氣泡病。 一般而言，仔魚在餌料充足及適當的飼育環境下，成長十分快速，室內池放養密度約4,500－6,000 尾/噸，仔魚培育至出售體長 (黑身苗，1.0－1.5cm)，在水溫26－28℃下約需24 天，水溫30－32℃約需17－18 天，活存率17－42%之間；室外池放養密度約1,500－2,000 尾/噸，仔魚培育至出售大小，在水溫26－31℃下約 需24 天，水溫28－33℃約需13－15 天，活存率17.7－76.2%之間。
不同時期的受精卵
<虱目魚160>
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