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臺灣地區有機農業驗證管理，可溯自1997年度訂定「有機農產品標章使用試辦要點」，由行政院農業委員會各區農業改良場負責辦理驗證及標章核發等工作，其認驗證制度發展歷程，詳如表1，詳細內容請參考附件「有機農業相關法規」。
迄99年12月底止，農委會已認證「財團法人國際美育自然生態基金會http://www.moa.org.tw/」、「臺灣省有機農業生產協會http://www.topa.org.tw/」、「財團法人慈心有機農業發展基金會http://toaf.org.tw/」及「台灣寶島有機農業發展協會http://www.foa.org.tw/」、「中華有機農業協會http://www.coaa.tw/」、「暐凱國際檢驗科技股份有限公司http://www.fsi-intl.com.tw/」、「國立成功大學http://140.116.204.120/gpcd/index.asp」、「國立中興大學http://www.nchu.edu.tw/~APACC/」、「國際品質驗證有限公司http://www.bestiso.com.tw/」、「環球國際驗證股份有限公司http://www.ucscert.com.tw/」、「中天生物科技股份有限公司http://www.microbio.com.tw/mboa/web01.htm」、「中華綠色農業發展協會http://140.112.89.52/gaa/」等12家驗證機構，辦理有機農產品驗證，截至2010年12月底止，通過水稻有機驗證面積合計1,299公頃。