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一、病害
薏苡主要病害為黑穗病及葉枯病，其中葉枯病對產量為害較嚴重。
1.黑穗病
薏苡黑穗病的病原菌多潛伏於種子，隨種子萌芽成長移動至植株其他部位及穗部，使穗部雌花總苞腫大、畸形，內部充滿黑色粉狀孢子。病株葉片則出現紅色瘤狀突起，切開後出現黑色粉狀孢子。 防治方式可選用無病種子，或於播種前使用3%三泰芬(Triadimefon)可濕性粉劑1,000倍消毒。若田間發現病株，除將病株移除燒毀外，可噴布稀釋1,000倍之3%三泰芬，隔10日再噴布1次。
2.葉枯病
薏苡葉枯病的病亦潛伏於種子中，約種子萌芽後30日發病，病徵為植株葉片上出現菱形病斑，初期1-3個，隨著植株成長，病斑數量逐漸增加，顏色由黃色轉為褐灰色，嚴重可導致全株乾枯，影響薏苡籽實產量。 防治方法除使用無病種子播種，也可利用50%免賴得(Benomyl)可濕性粉劑稀釋1,000倍進行種子浸種消毒。若田區發現病株，則可噴施稀釋1,000倍之50%依普同(Iprodione)可濕性粉劑，每隔10日噴施2至3次。
二、蟲害
薏苡的主要蟲害包括螟蟲及斜紋夜蛾等。
1.薏苡螟蟲
螟蟲為玉米之主要害蟲，亦為害薏苡。幼蟲會啃食幼嫩葉片，被害處有針刺狀小孔及長條型食痕，而後開始蛀食莖部，並由蛀入口排出大量蟲糞，被害植株容易倒伏枯萎，嚴重影響產量。可於始穗期施用6%培丹(Cartap)粒劑，每公頃30公斤進行防治。
2.斜紋夜蛾
幼蟲群聚啃食葉背葉肉，僅留上表皮。二、三齡後吐絲分散，老熟幼蟲藏匿於土中或雜草間，夜出為害，切斷幼苗，拖入土中食之，導致嚴重缺株。若於薏苡萌芽後發現幼苗受害，可噴布10%百滅靈(Permethrin)乳劑，稀釋3,000倍，每公頃施用0.5公升，7日後再噴施一次。