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為推廣優質安全的中草藥栽培，提供給國人安全、健康、高機能功效的在地食材，花蓮區農業改良場建立中草藥優良農業操作栽培體系，如當歸、丹參、黨參、白芷、黃芩等作物，從有機栽培管理、病蟲害防治、收穫與採後處理等，作為農民從事中草藥栽培之依據，提供給國人優質、安全的有機中草藥，更能符合保健養生之需求。中草藥為養生食材，故不建議使用除草劑，以保障藥材食用安全性。

根部類藥材在雜草管理方面，推薦以覆蓋資材來抑制雜草生長，為較經濟省工之方式；亦可以人工除草方式，在雜草苗期即進行除草作業，但人工除草較為耗費人力成本，在工資昂貴及人力欠缺時，為較不經濟的措施。整地前先將有機質肥料均勻灑施於田間，再將有機肥料翻犁至土壤中，整地時須深耕、細碎土壤、整平後再作畦，畦寬約1公尺，畦高約30公分，作畦的方向以南北向為宜，作畦完成後可利用塑膠布、雜草抑制蓆等材料覆蓋畦面，以保持土壤濕潤及防除雜草。在畦面覆蓋資材的中央處開出直徑約10公分大小之洞口，作為種子播種或種苗定植之位置，行株距可因中草藥種類、管理制度、地形、或為方便機械化而調整。覆蓋資材可利用不織布、雜草抑制蓆、塑膠布或稻草等材料覆蓋畦面，以保持土壤濕潤及防除雜草，試驗結果顯示，以雜草抑制蓆覆蓋對中草藥產量及有效成分含量有較佳之效果，且雜草抑制蓆可以重覆使用多次，較為環保且不易破損，在使用性上較佳。畦面覆蓋的功用具有抑制雜草生長，提高地溫，保持土壤水分，並防止雨水沖刷及土壤壓實，減少肥料的淋洗流失，降低病蟲害發生，促進作物生育，進而提高作物產量及品質的作用。