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臺灣本島的海草棲地，主要分布在水深0.5-10 m以內、陽光能穿透的淺海區域。這些地方的底質多為砂泥、珊瑚碎屑或貝殼砂，水質清澈潮流平穩，適合海草生長。分布熱點集中在西部與南部沿岸，例如屏東車城海口、臺南七股、嘉義好美寮、臺中高美、新竹香山等海岸。已記錄的海草種類計有7種，包括貝克氏鹽草、毛葉鹽草、卵葉鹽草、泰來草、單脈二藥草、線葉二藥草及甘草等。

然而，臺灣西部海草棲地正受到水質惡化、沿岸開發、船隻螺旋槳擾動、漁撈與養殖等影響，出現破碎化與覆蓋度下降的情況。近年政府、學界及社區合作展開調查、人工育苗與復育計畫，期望恢復海草床的健康，兼顧漁業資源與氣候調適。