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石珊瑚和軟珊瑚體內都具有大量的共生藻，因此牠們在珊瑚礁生態系中所扮演的角色就如同陸地上的植物。
雖然軟珊瑚實際上光合作用的效率不如石珊瑚，但有一點依舊很重要的：牠們體內的共生藻可將沒有實體的太陽光能捕捉下來，合成其他實體的物質，例如：糖等，而其他的生物可透過食用軟珊瑚將這份能量在食物網中傳遞下去。
珊瑚死後，牠們的群體腐爛，形成碎屑，也會四處飄散，最後沉入深海，成為補充深海碳氮源的來源之一。
此外，珊瑚礁體的主體雖說都是由石珊瑚死亡已久的骨骼，經過長久的打磨、互相黏合膠結而成，軟珊瑚的小骨針卻也參與了「打造」珊瑚礁的過程。
舉例來說，小枝軟珊瑚（Cladiella）群體的基盤裡會有許多大型骨針互相黏合在一起，固定於礁盤之上，無形之中也逐漸在增加膠盤的體積（圖1）。這些小小骨針也可以填補石珊瑚骨骼之間的空隙，再經由其他生物的膠合作用，便可形成完整的珊瑚礁盤。大部分軟珊瑚的共肉組織內都散布許多骨針，僅有少部分軟珊瑚不具骨針。這些骨針體積雖小，但是由於我們常可在野外觀察到單種軟珊瑚利用無性生殖繁殖群體戰據大片基質，如此加總下來，對於珊瑚礁體的形成，也可說是小有貢獻。
(圖2.生長在礁溝側面的扇珊瑚屬Annella )
像珊瑚、海扇（圖2）等這樣固著性的生物，擁有堅硬穩固的基質是牠們生存基本的條件，當牠們結束浮游期，選擇好一塊立足之地附著上去之後，終其一生，牠們都要為了鞏固甚至是擴大自己的一席之地而奮戰，牠們的競爭對象各式各樣，有：石珊瑚、藻類、貝類，甚至是他種軟珊瑚。
而珊瑚為了應敵，也發展出專屬牠們的應敵之道！應敵之道可略略粗分為兩種：
一種是物理性防衛；另一種則是化學性防衛。
物理性防衛即是軟珊瑚會善用牠們生長快速的優勢，覆蓋過其他的物種，造成其他物種的窒息或是遮光無法行光合作用因而死亡；或是利用牠們無性生殖能夠快速產生新群體的特性，快速佔據其他空白基質，不讓其他生物進駐。
此外，軟珊瑚能夠合成許多出有毒性的化學分子，並且將這些有毒物緩慢地釋入水體之中，毒害鄰近生物，讓牠們不能越雷池一步；或是為了不讓許多生物吃食牠們，無法移動跑去避敵的牠們，也需要體內有毒性的化學分子降低其他生物吃牠們的機率。而珊瑚所具備的這層化學防護罩，便吸引了許多可抗拒它毒性的生物選擇珊瑚作為牠們暫時避難所或是永久居住地以躲避他們的敵人，這樣的寄居者有各種各類，諸如：橈足類、旋鰓蟲、多毛類、蝦蟹類、貽貝、海百合、螺類等等。
(圖3.旋鰓蟲寄居在微孔珊瑚上)
這些寄生生物利用軟珊瑚的方式不盡相同，可能有：當作避難所、寄居在軟珊瑚群體內、啃食軟珊瑚表面的黏液或甚至直接啃食軟珊瑚的活組織，甚至軟珊瑚也提供了相對於石珊瑚較簡單的立體結構供生物棲息或躲藏（圖4）。因此，軟珊瑚與石珊瑚都被認為是珊瑚礁生態系的基石，可說當之無愧呢！
（圖4.提供立體結構供生物棲息的珊瑚礁群）
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