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台灣位處熱帶與亞熱帶之間，周圍海域又有黑潮流經，沿近海的環境大都適合珊瑚生長，因此只要有硬底質的地方，大都有珊瑚分布。除了西部沿海沙質海域不適合珊瑚著生外，台灣南部、北部、東部和各離島的沿岸海域都可以見到珊瑚。不過並非有珊瑚分布的地方，就一定有珊瑚礁發育，珊瑚礁必須在建造作用大於破壞作用的環境下才有機會形成。由於台灣沿海的環境條件並不相同，因此，珊瑚的生長和珊瑚礁的發育程度也不一致。台灣南部的恆春半島、綠島、蘭嶼和小琉球的沿岸，是珊瑚礁發育較佳的海域，而東部、東北部及澎湖群島的沿岸海域則僅有零星的珊瑚礁分布
(請參考: 海洋委員會海洋保育署、中央研究院生物多樣性研究中心 陳昭倫 研究員、國立臺灣大學海洋研究所 戴昌鳳教授 、台灣珊瑚礁地圖(上)(下))。
※北部及東部沿海
北部沿海從淡水河口北方起，經石門、野柳、金山、基隆、澳底到三貂角，這片海域的底質大都為砂岩或頁岩，冬季東北季風盛行期間，海蝕作用強，沉積物較多，且水溫較低，限制珊瑚的生長，僅有零星的珊瑚礁發育。珊瑚群聚主要分布在富貴角、野柳、和平島、基隆嶼、鼻頭角、龍洞、澳底和卯澳附近，石珊瑚種類約有40屬100種。
東部沿海從宜蘭縣到台東縣沿岸，大都為陡峭的沿石海岸，沿岸海水清澈溫暖，但海流較強，冬季也有東北季風，因此，不同地區的珊瑚生長情況有相當大的差異。珊瑚生長較佳的海域在蘇澳、龜庵、石梯坪、三仙台附近沿海，這些地且有珊瑚礁形成，珊瑚以菊珊瑚和微孔珊瑚為主，分支形的珊瑚次之，約有50屬150種。
※南部沿海
南部恆春半島沿海是台灣本島珊瑚生長最佳的地區，沿岸有發達隆起的珊瑚礁，海底則有生機旺盛的現生珊瑚礁，構成美麗的海底景觀，成為墾丁國家公園的重要資源。此海域的珊瑚礁屬於裙礁，珊瑚種類多達62屬250種以上。
※離島
澎湖群島由64個大小不等的島嶼所構成，沿岸的底質主要為玄武岩，水淺、坡度平緩，因此珊瑚生長旺盛，尤其是在目斗嶼、吉貝嶼、姑婆嶼等北部海域，石珊瑚種類約有50屬150種，軟珊瑚的種類和數量較少。
小琉球與是由珊瑚礁構成的島嶼，沿岸被隆起的珊瑚礁圍繞著，水深30公尺以內的海域大都有珊瑚生長，其中又以5-15公尺間生長情況最佳，石珊瑚約有50屬180種，軟珊瑚的數量和種類亦較多。
綠島和蘭嶼位台灣本島的東南方，都是火山島，也都位於黑潮流域，沿岸水質清澈，水溫世圯，珊瑚生長非常茂盛，沿岸都有發達的珊瑚礁分布，造礁珊瑚的種類和生物量都很豐富，約有60屬250種以上，軟珊瑚的種類也很多。
珊瑚礁在南海的分布也很廣，東沙群島和南沙群島都是珊瑚礁島嶼，周圍海域有發達的珊瑚礁生態系，由於這些島與位於熱帶地區，加上人為干擾較少，因此這裡的珊瑚生長非常茂盛，估計珊瑚種類應有300種以上。
(參考資料 : 戴昌鳳 .2011. 台灣珊瑚礁地圖(上)(下).天下文化出版社)
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