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柑橘潰瘍病
由病原細菌感染所引起，主要藉風雨傳播，柑橘植株含葉片、枝條及果實均可被害。雨後新稍易遭病原細菌侵入感染，病徵初呈水浸狀小點，漸漸擴大為木栓化突起之病斑，病斑顏色由黃色到橘色愈至後期顏色愈深呈深褐色，不同品種間病徵略有差異，葉片病斑多數邊緣有黃色暈環。颱風或豪雨季節有助病原細菌傳播，尤其在強風地區或迎風面的植株必須注意病原細菌藉風雨入侵，而長時間的降雨更容易助長病勢的進展，因此雨季應特別加強防治。病原細菌可在病斑上殘存越冬，每年整枝修剪時應澈底剪除罹病部位並移至果園外燒燬。注重田間衛生，隨時清除潰瘍病的罹病葉片、枝條及果實，並適時以藥劑進行防治，目前植保手冊登記藥劑多以銅劑為主，應注意避免在高溫時使用。

柑橘裾腐病
疫病菌感染柑橘主幹地基部造成樹幹表皮凹陷龜裂，龜裂處並有流膠現象，內部組織軟化褐變，被害部位上方枝葉漸漸黃化、落葉，終至枯死。病原菌殘存於土壤中，雨季時藉雨水飛濺或由傷口侵入感染，因此裾腐病多發生於靠近地面的接穗或傷口部位，亦可從地下部罹病根系，經由主根向上蔓延至主幹。地下水位高或排水不良的地方易發生，果園保持良好排水、使用抗病根砧及草生栽培、避免除草時造成枝幹傷口可降低病原菌感染的機會，雨季前施用亞磷酸則可提升植株免疫力預防病害發生。防治上可先切除患部及其周圍少部份健康組織，再塗上殺菌劑，並切記不可於雨天或環境濕度高時進行處理。

柑橘寄生性線蟲
柑橘線蟲及根腐線蟲均可感染柑橘根部，遭感染之植株地上部呈現微量元素缺乏營養不良之症狀，枝葉稀疏、葉片黃化變小、落葉稍枯、樹勢衰弱，嚴重者萎凋甚至死亡。地下部罹病根系經常沾粘土塊或呈腐敗現象。防治線蟲可於春芽萌發前使用基肥時同步於根部穴施或條施殺線蟲劑防治，另施用幾丁質或篦麻粕等有機添加物亦有改善的效果。

油脂病
或稱油斑病。行潛伏感染，好發於樹齡較老或樹勢衰弱的植株，病原菌於雨季或濕度高時感染新生葉片或果實，潛伏期可達數月之久，至葉片老熟後才顯現病徵，葉表呈黃色病斑，葉背則有黑褐色小斑點聚集隆起，周圍呈黃褐色不規則形油浸狀斑點。在果實上，形成密佈的小黑點而不擴大。罹病葉片提早落葉造成樹勢衰弱，落葉上的病原菌則成為再次感染的來源。清除田間病枝葉是防治上最重要的工作，雨季時則應適時施藥防治。

柑橘藻斑病
俗稱紅菇。生長勢弱、抵抗力較差之植株或密植、通風不良濕度高之果園較易發生，病原菌於高濕環境下侵入感染，並可藉雨水飛濺傳播。主要感染枝條，形成橘紅色毛絨狀病斑，病斑密度高會造成落葉。防治上應注重整枝修剪，加強樹體通風。此病害尚無推薦用藥，可以波爾多液進行防治。