蕎麥葉片及種子轉錄體分析 - 農業知識入口網

蕎麥(Fagopyrum esculentum Moench)屬於蓼科蕎麥屬一年草生作物，蕎麥種子與植株中含有多種有益健康之機能性成份，同時為優良蜜源植物，因此成為世界重要雜糧作物之一。本研究分析蕎麥種子及葉片轉錄體，分別讀取143 M及247 M條序列，共組裝97,200 及74,544條contigs，平均覆蓋率(coverage)分別約為1,474及3,340倍，contig序列平均長度分別為565及607 bp，全部拼接完成之序列分別為54 M及45 Mbp。葉片及種子序列混合拼接時，共可獲得106,190條contig，其中屬於種子和葉片者分別為69,043及56,345條，單獨存於種子或葉片者分別為22,587及9,889條。所有組裝成功之contigs進一步與資料庫比對，註解並進行基因功能分類檢索，分別依照細胞組成(cellular component)、生理程序(biological process)及分子功能進行分類。本轉錄體資訊亦與KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)資料庫比對，完成306個代謝途徑之比對，並針對類黃酮、黃酮與黃酮醇及芸香苷代謝途徑基因加以檢視，本研究同時檢索與種子蛋白質生合成相關基因，包括種子貯存蛋白、LEA protein, cupin 家族蛋白及過敏蛋白等基因，這些資訊可提供未來蕎麥栽培育種工作之參考。