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苦瓜生長期4-6個月，需肥量多，施用氮肥效果顯著，宜多施堆廏肥和氮肥。施肥量每10公畝堆肥1,200公斤、氮素25~30公斤、磷酐10~15公斤、氯化鉀15~30公斤。

第一次追肥在定植後約10天，離根部20公分開淺溝環施，每隔3週施追肥一次，第二次以後施在畦肩或畦溝邊為原則。進入結果中期以後，如植株生育轉衰，可施用0.4％（250倍）尿素水溶液。

苦瓜基肥施肥方式可採畦面開溝條施（離植穴80公分以上），或於整地時均勻撒於田土上，充分與田土攪拌均勻。最好是在苦瓜定植前1個月先拌入土中，使有機肥充分發酵腐熟，避免未腐熟的有機肥在土壤中發酵，產生熱能而傷到苦瓜的根系，進而影響植株的生長。