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鄭成功驅逐荷蘭人，收復台灣以後，漁業稅徵更為繁重，除了將荷蘭人的稅捐擴大以外，又增加了漁具稅，永曆15年5月18日的告諭中:「沿海各除現有網位署位，本蕃委官徵稅外，其餘分與文武各官及總鎮大小將領，前去炤管，不許混取，候定賦稅」。明鄭晚期的漁民負擔稅捐包括水餉、瞨港餉及澎湖稅等。水餉內即漁業稅，包括網具餉、樑頭牌及烏魚旗三項，網具餉係當時漁業所用的漁具，有大網、掛網、小刺網、流刺網、蠔、定置網、鯀、滬等。
樑頭即船積，漁船的長寬深若干，樑頭牌係依漁船裝載的容量(石)計算漁船所應納之稅金，澎湖稅乃澎湖地區的特別稅，亦包括漁船、網具等稅捐。
荷蘭人制開港瞨餉，鄭氏加以擴大，同樣以叫瞨(招標)方式，將河口、港灣(港、潭)等的撈捕權，以最高價予承包的瞨商，依合約繳稅。烏魚旗乃採捕烏魚的許可證明， 「旗用白布一幅、刊刷烏魚旗字樣，填寫漁戶姓名，縣印銓記，插於船頭，帶網採捕」。
鄭成功領台，傳說劉國軒曾在鹿耳門附近養魚(可能是虱目魚)，咨議參軍陳永華「開魚塭之利」，並且「……港口取水飼魚為塭、大者有征、謂之塭餉」。
由是觀之，明鄭時期台灣沿岸已形成許多漁人部落，聚集生活，漁業種類也多樣化，特定的港、潭作業受到限制，必須付費才能捕魚，同時也有粗放式的鹹水魚塭養殖。